IC reaktörün yapısı, genellikle 4 -, 8'e kadar geniş bir yükseklik çapı oranı ile karakterize edilir ve reaktörün yüksekliği 20 sol m sağa ulaşır.Bütün reaktör, bir birinci anaerobik reaksiyon odası ve bir ikinci anaerobik reaksiyon odasından oluşur.Her anaerobik reaksiyon odasının üstüne bir gaz, katı ve sıvı üç fazlı ayırıcı yerleştirilmiştir.İlk aşama üç fazlı ayırıcı esas olarak biyogaz ve suyu ayırır, ikinci aşama üç fazlı ayırıcı esas olarak çamur ve suyu ayırır ve giriş suyu ve geri akış çamuru birinci anaerobik reaksiyon odasında karıştırılır.İlk reaksiyon odası, organik maddeyi uzaklaştırma konusunda büyük bir yeteneğe sahiptir.İkinci anaerobik reaksiyon odasına giren atık su, atık sudaki kalan organik maddeleri uzaklaştırmak ve atık su kalitesini iyileştirmek için arıtılmaya devam edilebilir.